管委會辦公室
管委會辦公室是處理保稅港區管委會日常行政事務的綜合部門。
主要職責為：圍繞中心工作，協助管委會抓好黨的路線、方針、政策和重大決策、工作部署的貫徹落實；
協助處理機關日常事務，各部門的綜合協調；
負責公文處理和重要文稿起草工作，起草或審核以保稅港區管委會及辦公室名義印發的文件，做好文件材料印制、文件刊物流轉工作；
負責信息處理、辦公自動化、檔案管理、政務值班、機要保密、信訪維穩、行政后勤工作；
負責重大活動、重要會議的組織安排及外事、政務接待的組織協調工作；
負責有關決議、決定等的督查、督辦；
牽頭負責管委會的制度建設工作；
負責承辦招標辦合同審查、仲裁、訴訟等法律事務；
負責對外宣傳、公共關系協調、門戶網站建設和管理；
組織開展政務公開，做好市人大代表議案、市政協委員提案的督辦辦理工作；
負責其他應當由保稅港區管委會承擔工作的統籌協調。
黨群工作部
黨群工作部是保稅港區管委會負責黨的建設工作的職能部門。
主要職責為：提出區域加強黨的思想建設、組織建設、作風建設、制度建設的意見和建議；
負責指導區域黨的基層組織建設和黨員的發展、教育和管理工作；
指導和協調駐區行政機構及企業開展群團組織建設及活動開展；
負責區城黨建信息的收集、整理和反饋等工作；
負責區域黨鳳廉政工作；
協調指導相關單位的統一戰線工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
人力資源局
人力資源局是保稅港區管委會負責人事人才工作的職能部門。
主要職責為：貫徹執行國家和重慶市有關人才隊伍建設的方針和政策，負責編制和執行保稅港區人才發展規劃，協調指導區域內相關單位做好人力資源開發管理及引才引智工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
財務局
財務局是保稅港區管委會負責財政、財務管理工作的職能部門。
主要職責為：貫徹執行國家有關財稅法律、法規和方針、政策；
擬訂和執行港區財政發展戰略、中長期規劃；
分析預測區域財稅發展形勢，參與擬訂區域產業發展、財稅扶持等相關政策；
擬訂并組織實施區域財政、財務、投融資、會計管理等方面的政策和制度；
負責財政資金的預算編制、執行和財政資金的決算編制，做好財政性資金調度、撥付工作；
負責財政、稅務及相關行政機構的協調工作，做好港區財源、稅源的調查分析，做好與財政部門的財政資金結算和入區企業相關財稅優惠政貨的兌現：承辦管委會交辦的其他工作。
金融辦
金融辦是保稅港區管委會負責金融服務及投融資管理等工作的職能部門。
主要職責為：貫徹執行國家有關金融產業發展的法律、法規和方針、政策；
優化港區金融環境，參與擬訂區域金融發展規劃和政策，協調、服務區域金融業與經濟的互動；
推進多層次金融體系建設，支持金融機構開展業務創新；
牽頭根據市金融辦的授權負責相關非銀行金融機構的監管和監督工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
規劃發展局
規劃發展局是保稅港區管委會負責綜合經濟管理和協調、產業發展以及計劃統計工作的職能部門。
主要職責為：貫徹執行國家及重慶市國民經濟和社會發展戰略、方針和政策；
牽頭制定區域內大型經貿活動計劃；
研究制定行業招商引資政策，統籌區域內的招商引資政策和產業發展扶持政策，組織落實招商引資政策和產業發展扶持政策；
綜合協調并會同有關部門做好企業生產服務工作；
統籌協調駐區行政機構的行政管理工作；
負責監測區域內經濟發展態勢，承擔預測預警和信息引導的責任；
協調解決經濟運行中的重大問題；
貫徹國家統計法規，執行國家有關部委、市統計局的統計制度，負責區域內統計資料的搜集、審核、分析處理及發布工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
運行管理局
運行管理局是保稅港區管委會負責保稅港區日常運行管理的職能部門。
主要職責為：負責為入區企業的良好營運提供綜合協調及相關服務工作，對接市、區相關部委，配合解決入區企業合理化需求工作；
負責入區企業生產、生活等行政管理及運行保障工作；
負責聯檢單位、駐區行政機構、入區企業的辦公、生產所需設施設備和信息系統的維護管理、開發建設、協調服務等工作；
負責港區內的市政、環衛、園林綠化、站場、交通運輸等基礎設施和公共設施的維護管理；
負責區域內的交通秩序、應急處突、社會治安綜合治理、安全保衛、安全生產等公共管理工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
建設管理局
建設管理局是保稅港區管委會負責開發建設管理的職能部門。
主要職責為：組織擬定管理區域建設發展規劃、年度建設計劃并按批準計劃組織實施；
負責組織管理區城內城市總體規劃、控制性詳細規劃、修建性詳細規劃、專項規劃的編制、修改和實施；
組織擬定管理區域內園林綠化發展規劃和年度建設計劃并組織實施；
負責管理區域內項目的規劃選址工作；
統籌協調區域內城市的總體風貌、建筑工程設計審查、施工許可、質量、安全、工程監理、工程保險、工程擔保和竣工驗收等工作；
統籌協調區域內城市基礎設施建設的實施；
負責城建檔案管理工作；
承辦管委會交辦的其他工作。
